日本刚刚进入德川治世，在德川家康围剿真田残党的时候，佐助失去了自己的母亲。在父亲大猿的严格教育与训练下，佐助成为一名忍者并开始了自己的旅途。他用微尘隐、影分身等忍术与来袭的刺客相对抗。在旅途中，佐助明白了人们也会在互相爱护的同时互相伤害，渐渐成长成一名成熟的男子汉。
